Skyddsfond för Skärgårdshavet grundades i november 2007 som en del av Centrum Balticum -stiftelsen. Fonden grundades av:
- Finlands näringsliv EK
- Sydvästra Finlands Miljöcentral / Närings-, trafik- och miljöcentralen ELY i Egentliga Finland
- MTK Egentliga Finland
- Åbo yrkeshögskola
- Åbo stads miljöskyddskontor
- Skärgårdshavets forskningsinstitut vid Åbo universitet
- Egentliga Finlands Naturskyddsdistrikt (på finska)
- Åbo Akademi
Verksamheten vid Skyddsfonden för Skärgårdshavet leds av en förvaltningsnämnd som lägger fram förslag för Centrum Balticum-stiftelsens styrelse om projekt som fonden bör stödja. Förvaltningsnämnden söker likaså nya och innovativa metoder för att förbättra tillståndet i Skärgårdshavet och för att främja diskussionen om dessa.
På kontoret för Skyddsfonden för Skärgårdshavet arbetar en koordinator.