Saaristomeren ravinnekuormituksen vähentämiseen ja ravinteiden poistoon tähtäävät hankkeet voivat olla maatalouden-, jätevesien, tai veneilyn haasteisiin tarttuvia. Hankkeiden konkreettisia toimenpiteitä voivat olla esimerkiksi suojavyöhykkeet, kosteikot, laskeutusaltaat, opastus, jätevesiratkaisut ja niiden vaihtoehtoiset käsittelytavat, venepohjapesurit ja septitankkien imutyhjennysasemat sekä muut innovatiiviset ratkaisut.
Saaristomeren Suojelurahasto voi erityistapauksissa myöntää stipendejä esimerkiksi erityisen innovatiivisiksi katsomilleen opinnäytetöille, joiden tavoitteet ovat yhteneviä Suojelurahaston tavoitteiden kanssa ja joissa on selkeä sovellettavuusnäkökulma.
Saaristomeren Suojelurahasto ei avusta ns. perustutkimusta.
